C'est de 1766 à 1769, sous le règne du prince-évêque Simon-Nicolas de Montjoie, et d'après les plans de l'architecte Pierre-François Paris, que l'Hôtel des Halles a été érigé au cœur de la cité de Porrentruy.
Depuis 1997, suite à une complète rénovation, le bâtiment est occupé par l'Office de la culture jurassien dont dépend la Section d'archéologie et paléontologie.